技术专题 | 从细胞构建到药物筛选:HiBiT细胞模型如何加速蛋白降解药物研发?

2026-07-30

 

近年来,靶向蛋白降解(Targeted Protein Degradation,TPD)已成为创新药研发最活跃的领域之一。从PROTAC、Molecular Glue(分子胶)到LYTAC、AUTAC等新技术不断涌现,蛋白降解正逐步改变传统“小分子抑制剂”的研发模式。然而,在蛋白降解药物研发过程中,一个关键问题始终存在:如何快速、准确、定量地评价目标蛋白是否真正发生了降解?

 

传统Western Blot虽然能够检测蛋白表达变化,但实验周期长、通量低、定量能力有限,已难以满足高通量药物筛选需求。HiBiT标签技术的出现,为蛋白降解药物发现提供了一种高灵敏、高通量、可实时定量的新型检测平台。目前,HiBiT已广泛应用于PROTAC、分子胶等蛋白降解剂的筛选和药效评价,并逐渐成为国际药企和科研机构开展TPD研究的重要工具。

 

一、HiBiT:小标签,大作用

HiBiT是NanoLuc® Luciferase系统中的一种超小型发光标签,仅由11个氨基酸组成。当HiBiT与互补蛋白LgBiT结合后,可快速形成完整的NanoLuc荧光素酶,在加入底物后产生高强度生物发光信号。

其最大的特点包括:

1)标签极小(11 aa),对蛋白结构和功能影响较小;

2)灵敏度高,检测动态范围可达数个数量级;

3)无需抗体,减少实验步骤和批间差异;

4)支持活细胞检测,可实时监测蛋白动态变化;

5)适用于96、384甚至1536孔板高通量筛选。

由于发光信号与目标蛋白表达量呈正相关,因此HiBiT能够直接用于蛋白丰度的实时定量检测。

 

二、HiBiT细胞模型的两种主流构建策略

根据不同的研发需求,HiBiT细胞模型通常可分为原位(Knock-in)和过表达(Harbor-HiBiT)两种构建方式。

方案一:内源HiBiT Knock-in(原位敲入)

该方案采用CRISPR/Cas9介导同源重组(HDR),将HiBiT标签精准插入目标基因的内源位点(N端、C端或特定结构域),实现目标蛋白的内源标记。

技术特点:

1)保持目标蛋白天然启动子调控;

2)保留内源表达水平和时空表达模式;

3)避免过表达带来的实验偏差;

4)更真实地反映蛋白降解效果;

5)特别适用于药效评价和机制研究。

对于PROTAC和分子胶研发而言,内源HiBiT模型已成为评价DC50(降解半数浓度)、Dmax(最大降解率)以及降解动力学的重要工具。

方案二:Harbor-HiBiT稳定表达细胞

另一种策略是在AAVS1等安全位点(Safe Harbor)定点整合HiBiT融合表达载体,实现目标蛋白的稳定表达。

技术特点:

1) 表达稳定,批间一致性高;

2)构建周期相对较短;

3) 适用于难以进行内源编辑的靶点;

4)可灵活设计融合蛋白、突变体或功能片段;

5)易于建立标准化筛选模型。

典型应用:

1) 突变体蛋白降解研究;

2)结构域功能分析;

3) PROTAC先导化合物初筛;

4) 双报告系统构建;

5)大规模药物筛选平台。

对于早期Hit发现和SAR(Structure–Activity Relationship)优化阶段,Harbor模型具有良好的通量优势。

 

三、HiBiT如何赋能蛋白降解药物研发?

HiBiT技术几乎贯穿蛋白降解药物研发的整个流程。

1. 靶点验证

首先,通过构建HiBiT标记细胞,确认目标蛋白的表达及定位,为后续药物筛选提供可靠模型。

例:研究人源利用CRISPR将HiBiT敲入HEK293T内源性BRD4/BRD2/BRD3位点,用dBET1/dBET6 PROTAC验证内源靶蛋白剂量依赖性降解,首次确立HiBiT用于TPD靶点验证的可行性[1]

2. 高通量药物筛选(HTS)

HiBiT最大的优势之一,是能够直接用于高通量筛选。实验流程通常包括:

1. 建立HiBiT细胞模型;

2. 加入候选PROTAC或分子胶化合物;

3. 培养一定时间;

4. 加入LgBiT和发光底物;

5. 自动读取发光信号;

6. 计算目标蛋白降解比例。

整个流程无需Western Blot、ELISA或复杂抗体孵育,大幅提升筛选效率。

例:研究人员在MCF7细胞中CRISPR敲入HiBiT-CARM1[1],建立384/1536孔HTS平台,对NCI天然产物库(1408个组分)进行初筛,鉴定出kusunokinin和exostemin两种特异性CARM1降解剂,并经WB和细胞功能实验验证。

3. Lead优化

对于筛选得到的候选化合物,可进一步利用HiBiT检测:

DC50:实现50%蛋白降解所需浓度;

Dmax:目标蛋白最大降解比例;

Dose–Response曲线:评价不同化合物活性差异。

这些指标是PROTAC和分子胶优化过程中最重要的药效参数。

例:研究人员利用HeLa HDAC6-HiBiT LgBiT稳转株对系列HDAC6 PROTAC进行裂解法定量与活细胞动力学检测,系统比较不同linker长度/弹头结构的DC50、Dmax及降解速率,发现某DFMO衍生PROTAC在5 μM出现典型钩状效应,据此淘汰并保留B423等优选结构。

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4. 降解动力学研究

HiBiT支持活细胞实时检测,可连续监测:

1)降解起始时间;

2) 最大降解时间;

3) 蛋白恢复速度;

4) 降解持续时间;

5)半衰期(t½)。

相比终点检测,更有助于研究药物作用机制和优化给药方案。

例:研究人员联用HiBiT-NanoBiT与NanoBRET,在同一活细胞中分别实时监测WDR5-PROTAC诱导的靶蛋白降解动力学与三元复合物(Ternary Complex)形成/解离动力学,阐明三元复合物稳定性与降解速率的因果关系[4]

5. 药效评价

在候选化合物进入体内实验之前,HiBiT模型还可用于:

1)PK/PD相关研究;

2)多时间点药效分析;

3)不同细胞模型验证;

4)联合蛋白质组学分析脱靶效应。

 

四、HiBiT与传统蛋白检测技术对比

HiBiT不仅提高了检测灵敏度,更重要的是实现了蛋白降解的快速、自动化和标准化检测。

 

五、粒曼生物HiBiT细胞定制服务

针对蛋白降解药物研发需求,粒曼生物可提供完整的HiBiT细胞模型定制服务,包括:

1、内源HiBiT Knock-in

  •  CRISPR/Cas9精准编辑
  • N端/C端标签设计
  • 单克隆筛选
  • PCR、Sanger测序验证
  •  发光功能验证
  •  WB验证(可选)

2.现货HEK293-Harbor HiBiT稳定表达细胞

  • Safe Harbor定点整合(AAVS1等)
  • 融合蛋白表达载体设计
  • 单克隆筛选
  • 表达稳定性验证
  • 发光检测
  • 长期冻存与质控

3.配套服务

  • HiBiT Harbor基础细胞平台
  • PROTAC筛选细胞模型构建
  • NanoLuc/HiBiT双报告系统开发
  •  高通量药物筛选支持
  • CRISPR原位标签(HiBiT、NanoLuc、TurboID、ALFA等)定制开发
  •  

六、结语

随着蛋白降解药物研发进入快速发展阶段,对高质量细胞模型和高通量检测平台的需求持续增长。

HiBiT技术凭借超小标签、内源定量、高灵敏发光和自动化检测等优势,已成为连接CRISPR基因编辑、细胞模型构建与蛋白降解药物筛选的重要桥梁。

无论是内源HiBiT Knock-in模型,还是Harbor稳定表达平台,都能够帮助研究人员更加真实、快速、精准地评价候选降解剂的活性,加速从靶点验证到先导化合物优化,再到药效评价的整个研发流程。

未来,随着PROTAC、分子胶等新型降解技术的不断成熟,HiBiT细胞模型将在创新药研发中发挥更加重要的作用,成为蛋白降解药物发现不可或缺的核心工具。

 

参考文献

[1] Schwinn M K , Machleidt T , Zimmerman K ,et al.CRISPR-Mediated Tagging of Endogenous Proteins with a Luminescent Peptide[J].ACS chemical biology, 2017:467.

[2]Bacabac M, et al. Utilizing the HiBiT System to Identify CARM1 Degraders for Targeted Cancer Therapy. J Med Chem. 2026 Jan 8;69(1):134-145.

[3]Hanl M, Feller F, et al. Target engagement studies and kinetic live-cell degradation assays enable the systematic characterization of HDAC6 PROTACs.bioRxiv.2025.

[4]Schwalm MP, Krämer A, Dölle A, et al. Tracking the PROTAC degradation pathway in living cells highlights the importance of ternary complex measurement for PROTAC optimization. Structure.2023;31(7):747-758.e6.